Институт проектирования белков Вашингтонского университета и Nvidia 21 октября представили RFD4-Proteina — открытую генеративную модель для создания новых белков. Она одновременно проектирует аминокислотную последовательность и пространственную структуру молекулы, учитывая её окружение. Авторы также опубликовали результаты лабораторных проверок полученных конструкций.

В распространённых подходах создание формы белка и подбор подходящей последовательности поручают разным моделям. RFD4-Proteina объединяет эти задачи: изменение состава согласуется с изменением формы в ходе одного процесса. Модель может тратить больше вычислений на трудные задачи. Это даёт исследователям единый инструмент для поиска конструкций, где важно не только строение самого белка, но и его взаимодействие с другими молекулами.

По данным авторов, в одной серии 158 из 188 проверенных конструкций связывались с человеческим рецептором TrkA с заданной авторами силой. Это экспериментальное измерение, а не только компьютерная оценка. Успех зависел от задачи: в отдельной серии ферментов, предназначенных для одного из этапов синтеза лекарства, активность выше фоновой показали четыре конструкции из 67. Проценты из этих разных опытов нельзя превращать в общую вероятность успеха модели; работа представлена как препринт, а медицинская эффективность таких молекул не установлена.

Есть и существенная граница у сравнительных тестов. В карточке модели прямо указано: опубликованные показатели вычислительной эффективности измерены 9 октября на предыдущей версии и не перепроверены для нынешних весов от 19 октября. Поэтому переносить заявленное преимущество на доступный сегодня релиз нельзя. Код и веса открыты для исследовательской работы; их доступность позволяет проверять метод за пределами команды разработчиков.