В исследовании Nature Medicine проанализировали кишечный микробиом 6803 взрослых из японской когорты 4D и выделили два противоположных набора микробных признаков, связывающих образ жизни со здоровьем и 15 хроническими заболеваниями. Один набор был связан с выработкой бутирата и менее воспалительным профилем, другой — с бактериями из полости рта, условно-патогенными видами и более выраженным воспалением.

«Здоровая» ось чаще совпадала с растительной пищей, соевыми и ферментированными продуктами, кофе и физической активностью. В ней преобладали бактерии, расщепляющие растительные полисахариды и участвующие в образовании бутирата. «Болезненная» ось чаще сопровождала рафинированные углеводы, курение и долгое сидение; в неё входили *Streptococcus*, *Escherichia coli*, *Ruminococcus gnavus* и другие виды, связанные с воспалительными показателями.

Связь с метаболизмом и иммунной системой проверили на подгруппах более чем из 1700 человек по короткоцепочечным жирным кислотам в кале и цитокинам в крови. У 402 участников повторные образцы через медианный интервал два года показали сходное направление изменений микробиома при изменении привычек. Построенные по бактериям показатели воспроизвели различия между здоровьем и болезнями в 11 из 13 независимых когорт общей численностью 3095 человек.

Неожиданно бактерии, которыми заквашивают ферментированные продукты, сами не оказались посредниками связи этих продуктов со здоровьем. Авторы предполагают, что важнее могут быть другие изменения микробного сообщества и вещества, образующиеся при ферментации, однако это ещё предстоит проверять экспериментально.

Основная часть работы наблюдательная. Статистический анализ посредничества и проверка обратного направления уменьшают риск ошибочной интерпретации, но не доказывают, что конкретные бактерии вызывают болезнь или защищают от неё. Рацион оценивали по анкетам, а неучтённые различия — например сон, стресс и социально-экономические условия — могли повлиять на результат. Работа показывает устойчивые микробные конфигурации, но не даёт готового теста или индивидуальной схемы питания.