Tencent 2 ноября открыла веса и код двух моделей для работы с белками: HyInv подбирает аминокислотную последовательность под заданную пространственную форму, а HyPLM-Flash извлекает закономерности из белковых последовательностей. По описанию команды, обе модели с нуля обучил её исследовательский агент Hyra 2.0. Результат работы агента теперь можно использовать отдельно — как инструмент для следующих исследований.

Hyra 2.0 рассчитана на проекты, где нужны дни или недели: выбор подхода, написание кода, обучение, оценка и исправление ошибок. Несколько агентов делят исследовательские направления, запускают эксперименты и проверяют результаты по коду и журналам выполнения; полезные методы сохраняются для повторного применения. Люди задают и согласуют требования, а крупные расходы вычислений требуют их одобрения. Поэтому речь идёт об автоматизации значительной части разработки, а не о лаборатории, полностью исключившей исследователей.

У HyInv всего 1,96 млн параметров. Она сначала предлагает последовательности, затем поэтапно их переписывает. В техническом отчёте команда получила более высокое среднее соответствие предсказанной структуры заданной форме, чем у десяти сравниваемых методов, при сопоставимом или большем разнообразии последовательностей. Проверка охватывала пять наборов данных, но оставалась вычислительной: это не подтверждение работоспособности созданных белков в лаборатории.

Громкая цифра ускорения — 57 раз относительно ProteinMPNN — тоже имеет конкретные границы. Авторы получили 128 последовательностей длиной 402 аминокислоты за 50,6 мс на одной NVIDIA H20. Замер сделан на более ранних весах той же архитектуры, после прогрева; самый быстрый режим использует пониженную численную точность и не выдаёт буквально те же последовательности, что эталонная реализация. Переносить эту цифру на весь цикл проектирования белка или любое оборудование нельзя.

Вторая модель, HyPLM-Flash, содержит 650 млн параметров. В опубликованном сравнении команды она быстрее сопоставимых белковых кодировщиков на H20, но по оценке последствий мутаций ProteinGym статистически не отличается от ESM-2 650M, ESM C 600M и E1-600M. Обе модели доступны по лицензии MIT вместе с кодом запуска и техническими отчётами. Открытый выпуск позволяет сторонним исследователям проверить полученные инструменты; универсальное преимущество и полная автономность самого Hyra этими результатами не установлены.