Исследователи представили DeepDelivery — систему, которая ищет среди человеческих белков компоненты для доставки мРНК. Рецензируемая работа опубликована 31 октября в Nature Communications. По данным авторов, нейросети выделили 512 кандидатов; из 15 выбранных для лабораторной проверки кандидатов 12 помогли собрать частицы, доставляющие мРНК в клетки. Три не сработали.

Поиск по сходству с известными белками обычно выводит на близкие варианты. DeepDelivery расширила поиск: среди подтверждённых кандидатов оказались белки семейства TRIM, которые такие сравнения пропускали. ИИ отбирал кандидатов и направлял их доработку, а конструкции собирали и проверяли исследователи. Код и модели доступны для дальнейшей проверки. Выложенная версия модели новее использованной в статье и выдаёт 554 кандидата вместо 512.

После изменения белка TRIM25 доля клеток с сигналом доставки выросла с 37,8% до 65,4% в одном лабораторном тесте. Результат зависел от дозы частиц и типа клеток; в отдельном опыте с одинаковой дозой большинство кандидатов работало слабо. Сами человеческие белки без дополнительных модулей почти не обеспечивали доставку. Конструкции содержали и вирусные компоненты — полностью человеческими носителями они ещё не стали.

Исследование расширяет набор заготовок для доставки мРНК, но пока ограничено клеточными опытами. Предварительные измерения иммунного ответа не устанавливают безопасность в организме: ещё нужны испытания распределения частиц, повторного введения и иммунных реакций.