Исследователи сравнили трёхмерную организацию генома кальмара *Euprymna scolopes*, каракатицы *Sepia officinalis* и калифорнийского двупятнистого осьминога *Octopus bimaculoides*. Работа опубликована 9 октября в Nature Communications и показывает, как древняя перестройка хромосом создала у головоногих новые дальние контакты между участками ДНК.

Крупные хроматиновые домены оказались в основном устойчивыми между видами, а более мелкие петли, сближающие удалённые участки ДНК, сильно различались между видами, тканями и стадиями развития. В эмбрионах учёные нашли сотни таких петель, но лишь три петли с генами были общими для всех трёх видов. Многие контакты возникли после слияний и перемешивания участков хромосом и находились рядом с генами, активными в нервной ткани.

Функцию одного контакта проверили отдельно у родственного кальмара *Euprymna berryi*. С помощью CRISPR-Cas9 исследователи удалили около 1000 пар оснований из интрона гена *Quaking B*. У всех 25 эмбрионов опытной группы задержалось развитие; у пяти уменьшились зрительные доли мозга, ещё у части нарушилось формирование других органов. При этом заметнее всего снизилась активность не ближайших генов, а нескольких генов на расстоянии до 14,5 млн пар оснований — признак дальнего действия регуляторного участка.

Авторы называют накопление таких взаимозависимых контактов «регуляторным переплетением» и предполагают, что оно помогло эволюции сложной нервной системы головоногих. Работа подтверждает функцию одного участка и сопоставляет архитектуру нескольких геномов, но не доказывает, что именно трёхмерная укладка ДНК сама по себе создала интеллект осьминогов: это механизм, способный менять регуляцию генов, а не единственная установленная причина сложного поведения.