Генетические следы в кишечных микробах показали, что многие из них распространялись по миру вместе с древними человеческими популяциями и сохранялись у их потомков тысячелетиями. Исследование в Nature сравнило микробиомы цимане из Боливии и хадза из Танзании — народов, чьи предки разделились задолго до заселения Америки.

В 133 образцах от 85 взрослых цимане исследователи восстановили 12 746 микробных геномов и сопоставили их с 32 034 геномами из ранее собранных образцов 137 хадза. Две группы разделяли 1 231 вид; 848 из них, или 60,2%, редко встречаются либо отсутствуют у жителей индустриальных обществ.

Для 636 достаточно представленных видов команда сравнила родство штаммов и следы обмена генами. Медианная оценка времени их генетического разделения между цимане и хадза составила около 17 тысяч лет — намного больше, чем между европейскими и североамериканскими выборками. У 545 из 636 видов не обнаружили признаков недавнего обмена штаммами между двумя группами. Авторы считают это свидетельством того, что разнообразный микробиом сопровождал людей во время доисторических миграций, а не был заново собран уже после расселения.

Работа изучает современные популяции, а даты разделения выводит из моделей мутаций и рекомбинации бактерий, поэтому это не прямое чтение микробиома древних людей и не точная датировка маршрутов. Многие найденные виды исчезают из микробиома индустриальных обществ, но исследование не устанавливает, вредит ли эта потеря здоровью и принесёт ли пользу их возвращение.